კავკასიის საერთაშორისო უნივერსიტეტი ხელს უწყობს ფუნდამენტური კვლევების განვითარებას, რისთვისაც 2018 წლიდან ფუნქციონირებს შიდა საგრანტო კონკურსი. კონკურსის მოთხოვნებით კვლევებს წვლილი უნდა შეჰქონდეთ მეცნიერულ, სოციალურ, ეკონომიკურ, კულტურულ და ა.შ. განვითარებაში ეროვნულ ან/და საერთაშორისო დონეზე, რაც ასახულია შეფასების კრიტერიუმებში. კონკურსი მოიცავს საერთაშორისო და ადგილობრივ კვლევით ცენტრებთან და ეკონომიკურ აგენტებთან თანამშრომლობის გაღრმავების და ცოდნის ტრანსფერის სავალდებულო პირობას სწავლების, კვლევისა და ეკონომიკის ინტეგრირების ხელშესაწყობად. კვლევების განმახორციელებელი აკადემიური პერსონალი აქტიურად არის ჩართული უნივერსიტეტის აკადემიურ ცხოვრებაში სხვადასხვა საგანმანათლებლო საფეხურზე, ამასთან მათი დიდი ნაწილი წარმოადგენს სადოქტორო კვლევების ხელმძღვანელს. თოთოეულ კვლევით პროექტს ჰყავს ადგილობრივი და/ან საერთაშორისო პარტნიორი, რომლებთანაც გაფორმებულია ინსტიტუციური თანამშრომლობის ხელშეკრულება და/ან მემორანდუმი პროექტის ფარგლებში. ამასთანავე, პარტნიორი ინსტიტუციიდან პროექტის კონსულტანტის სახით ჩართულია არანაკლებ ერთი სპეციალისტი ან მეცნიერი.
უნივერსიტეტში ხორციელდება ფუნდამენტური კვლევები შოთა რუსთაველის საქართველოს ეროვნული სამეცნიერო ფონდის (SRNSFG) დაფინანსებით, რომლებიც დადებითად შეფასდა ევროპის სამეცნიერო ფონდის (European Scientific Foundation – ESF) მიერ. პროექტები მხარდაჭერილია კავკასიის საერთაშორისო უნივერსიტეტის თანადაფინანსებით. პროექტებში ჩართულები არიან დარგის გავლენიანი მეცნიერები საერთაშორისო კვლევითი ცენტრებიდან და უნივერსიტეტებიდან. 2023 წელს უნივერსიტეტის გამარჯვებულმა პროექტმა მიიღო კონკურსის უმაღლესი შეფასება 49(50) და წარმოადგენს ერთ-ერთ ლიდერს შეფასებულ 439 პროექტს შორის.
2018 - 2024 წლებში უნივერსიტეტის აფილაციით გამოქვეყნებულია 215 პუბლიკაცია საერთაშორისო რეფერირებად ჟურნალებში. მათგან 76 პუბლიკაცია გამოქვეყნებულია Scopus-ის და/ან Web of science core collection-ის ბაზებში ინდექსირებულ ჟურნალებში/წყაროებში, ხოლო 139 გამოქვეყნებულია საერთაშორისო რეფერირებად ჟურნალებში, რომლებიც ინდექსირებულია სხვადასხვა საერთაშორისო ბაზასა და/ან საძიებო სისტემაში.
კვლევითი გრანტების ფარგლებში უნივერსიტეტში მიმდინარეობს 13 კვლევა (ჯამური ბიუჯეტით 1 106 800 ლარი), რომლებიც ხორციელდება საერთაშორისო და ადგილობრივ პარტნიორებთან და მეცნიერებთან ერთად, ხოლო ამ ეტაპზე დაგეგმილია ხუთი პროექტი (2024 წლის პირველი იანვრიდან 2024 წლის 30 აპრილის მდგომარეობით), რომლებიც მონაწილეობენ საერთაშორისო ან ადგილობრივი დონორი ორგანიზაციების საგრანტო კონკურსებში.